Concordo com o Danilo. Os rendimentos não são somados, pois são de naturezas diversas. Caso a empresa faça retenção de IR do pró-labore, o código será o 0561, e do aluguel seria o 3208.
O único adendo que eu faria é: como o rendimento de aluguel é recebido de pessoa jurídica e não de pessoa física, não sei se o mais adequado seria o carnê leão, e sim antecipação do IR (não me lembro o código de recolhimento a ser pago na pessoa física neste caso). Outra estratégia interessante seria recomendar que seu cliente guarde este dinheiro, mensalmente, em Tesouro Selic, CDB de liquidez diária (100% CDI) ou fundo DI, e quando for fazer a declaração de ajuste no próximo ano, o mesmo já terá dinheiro suficiente para quitar o seu imposto, e talvez até sobre recursos por conta dos rendimentos.